José Pereira dos Santos frequentou a Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra até ao 3.º ano, tendo-se transferido para a Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa onde se licenciou no ano lectivo de 1985/1986.
Pós-graduou-se em Fiscalidade em 2009 e em Gestão Financeira e Fiscal de Empresas em 2012 pela Faculdade de Economia da Universidade de Coimbra.
Tem formação específica nas áreas de Direito Fiscal, do Direito do Urbanismo e do Direito dos Registos e Notariado, do Direito das Empresas e tendo frequentado diversas acções de direito das expropriações e cursos de formação nessas áreas na Faculdade de Direito e na Faculdade de Economia da Universidade de Coimbra e na Ordem dos Advogados.